Ce fonds contient non seulement des pièces relatives à Paul Bert, mais aussi à sa famille proche (famille Bert, famille Clayton, famille Chailley, famille Chailley-Bert, famille Klobukowski). La vie domestique de la famille Bert est ainsi largement évoquée, notamment à travers des échanges de lettres.
Concernant Paul Bert, ce fonds retrace différents aspects de sa vie publique, et plus particulièrement ses positions dans le domaine de l'enseignement et sur la question cléricale. Dans ces domaines, une part importante du fonds est due à sa femme Joséphine Clayton, qui continue après la mort de son mari en 1886 de défendre sa mémoire sur la scène locale et nationale.
La fonction de résident général en Annam et Tonkin de Paul Bert (dont son décès au Tonkin) est représentée par un petit ensemble de pièces. Les hommages posthumes et les commémorations (monuments et anniversaires de mort ou de naissance) viennent compléter ce fonds.

Les pièces répertoriées ont été données aux Archives départementales de l'Yonne, par M. le colonel Klobukowski, le 19 septembre 1967, en même temps que diverses liasses provenant des archives de son père, le diplomate Antony Klobukowski, époux de Pauline Bert, fille de Paul Bert. Elles ont été transférées à la Ville d'Auxerre en 1986 pour compléter le fonds Paul Bert qui s'y trouvait déjà conservé (voir fonds 1 S), à l’exception des documents concernant Antony Klobukowski restant affectés aux Archives départementales de l'Yonne.