Ce fonds retrace différents aspects de la vie de Paul Bert, et tout d’abord sa carrière scientifique, principalement à travers une collection d’articles de journaux.

Un petit ensemble de pièces variées (articles, discours, bulletins de vote, …) rappelle son engagement politique local et national. Les fonctions politiques et administratives de Paul Bert apparaissent aussi dans le corpus de documents se rapportant à sa fonction de résident général de France en Annam et au Tonkin.

Sa mort au Tonkin (actuel Vietnam) et les honneurs qui lui sont rendus sur place et à son retour à Auxerre pour son inhumation sont notamment présentés à travers des documents figurés et des hommages.

Ministre de l’Instruction publique, Bert Paul a pris des positions dans le domaine de l’enseignement. Son engagement dans le domaine de l’école primaire, de l’enseignement supérieur et sur la question de l’instruction des femmes apparaît à travers les pièces conservées.

Enfin des éléments relatifs à la généalogie de Paul Bert établis postérieurement clôturent ce fonds.

Il est à signaler que la plupart de ces thèmes sont constituées de collections de pièces plutôt éparses, qui ne forment pas des ensembles suivis.

À l'exception des documents numérotés 281, 282 et 313 offerts par M. Clavreuil (libraire spécialisé, 37, rue Saint-André-des Arts à Paris, 6ème), les pièces constituant le présent fonds ont été données par Madame Chailley-Bert, en décembre 1976, à l'occasion de l'exposition organisée par la Ville d'Auxerre pour le 90ème anniversaire de la mort de Paul Bert, à l'Hôtel Ribière (9, rue Soufflot) du 15 janvier au 30 septembre 1977.
D'abord déposées aux Archives départementales de l'Yonne - dont M. Claude Hohl, directeur, rédigea à l'époque le catalogue de l'exposition - ces pièces furent, la présentation terminée, confiées au Conservatoire de la Nature Paul Bert, nouvellement créé par la municipalité, dans une propriété achetée par cette dernière, au n ° 5 du boulevard Vauban.

En décembre 1985, leur totalité était versée aux Archives communales.